കേന്ദ്ര സിദ്ധാന്തത്തിൽ, ഡിഎൻഎയ്ക്കും പ്രോട്ടീൻ എക്‌സ്‌പ്രഷനും ഇടയിലുള്ള ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്‌ഷണൽ മീഡിയേറ്റർ ആർഎൻഎ ആണെന്ന് എല്ലാവർക്കും അറിയാം.ഡിഎൻഎ കണ്ടെത്തലുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ, ആർഎൻഎ കണ്ടെത്തുന്നത് ജീവജാലങ്ങളിലെ ജീൻ പ്രകടനത്തെ കൂടുതൽ വസ്തുനിഷ്ഠമായി പ്രതിഫലിപ്പിക്കും.ആർഎൻഎ ഉൾപ്പെടുന്ന പരീക്ഷണങ്ങളിൽ ഉൾപ്പെടുന്നവ: qRT-PCR, RNA-Seq, ഫ്യൂഷൻ ജീൻ കണ്ടെത്തൽ മുതലായവ. RNA-യുടെ സ്വഭാവത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കി (ആർഎൻഎയുടെ പഞ്ചസാര മോതിരം ഡിഎൻഎയുടെ പഞ്ചസാര വളയത്തേക്കാൾ ഒരു സ്വതന്ത്ര ഹൈഡ്രോക്സൈൽ ഗ്രൂപ്പുണ്ട്), പരിസ്ഥിതിയിൽ ധാരാളം ആർഎൻഎസുകൾക്കൊപ്പം, ഡിഎൻഎയേക്കാൾ അസ്ഥിരവും ഡീഗ്രേഡ് ചെയ്യാൻ എളുപ്പവുമാണ്.ആർ‌എൻ‌എയുടെ ഗുണനിലവാരം നല്ലതല്ലെങ്കിൽ, പരീക്ഷണ ഫലങ്ങൾ തൃപ്തികരമല്ലാത്തതായിരിക്കണം, പ്രത്യേകമായി കൃത്യമല്ലാത്ത ഡാറ്റയോ മോശം ആവർത്തനക്ഷമതയോ ആയി പ്രകടമാകണം.അതിനാൽ, ആർഎൻഎയുടെ പ്രോസസ്സിംഗിൽ കൂടുതൽ ശ്രദ്ധ നൽകണം, തുടർന്നുള്ള പരീക്ഷണാത്മക ഡാറ്റയുടെ കൃത്യതയും കൃത്യതയും ഉറപ്പാക്കാൻ ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണത്തിന്റെ ലിങ്കും കൂടുതൽ പ്രധാനമാണ്.

ആർഎൻഎയുടെ ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണത്തിനായി, സാധാരണയായി ഉപയോഗിക്കുന്ന ഇനിപ്പറയുന്ന രീതികൾ ഉണ്ട്:

• സ്പെക്ട്രോഫോട്ടോമെട്രി
• അഗറോസ് ജെൽ ഇലക്ട്രോഫോറെസിസ്
• എജിലന്റ് ബയോഅനലൈസർ
• തത്സമയ ഫ്ലൂറസെന്റ് ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവ് പിസിആർ
• ക്യുബിറ്റ് ഫ്ലൂറസെന്റ് ഡൈ രീതി

01 സ്പെക്ട്രോഫോട്ടോമെട്രി

ആർ‌എൻ‌എയ്ക്ക് ഇരട്ട ബോണ്ടുകൾ സംയോജിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു കൂടാതെ 260nm തരംഗദൈർഘ്യത്തിൽ ആഗിരണം ചെയ്യാനുള്ള കൊടുമുടിയുണ്ട്.Lambert-Beer ന്റെ നിയമമനുസരിച്ച്, 260nm-ൽ ആഗിരണം ചെയ്യപ്പെടുന്ന കൊടുമുടിയിൽ നിന്ന് RNA സാന്ദ്രത നമുക്ക് കണക്കാക്കാം.കൂടാതെ, 260nm, 280nm, 230nm അബ്സോർപ്ഷൻ പീക്കുകളുടെ അനുപാതം അനുസരിച്ച് ആർഎൻഎയുടെ പരിശുദ്ധിയും നമുക്ക് കണക്കാക്കാം.280nm ഉം 230nm ഉം യഥാക്രമം പ്രോട്ടീനുകളുടെയും ചെറിയ തന്മാത്രകളുടെയും ആഗിരണ കൊടുമുടികളാണ്.യോഗ്യതയുള്ള RNA പരിശുദ്ധിയുടെ A260/A280, A260/A230 എന്നിവയുടെ അനുപാതം 2-ൽ കൂടുതലായിരിക്കണം. ഇത് 2-ൽ കുറവാണെങ്കിൽ, RNA സാമ്പിളിൽ പ്രോട്ടീനോ ചെറിയ തന്മാത്രയോ മലിനീകരണം ഉണ്ടെന്നും അത് വീണ്ടും ശുദ്ധീകരിക്കേണ്ടതുണ്ടെന്നും അർത്ഥമാക്കുന്നു.മലിനീകരണ സ്രോതസ്സുകൾ, പിസിആർ പ്രതിപ്രവർത്തനങ്ങളുടെ ആംപ്ലിഫിക്കേഷൻ കാര്യക്ഷമതയെ തടയുന്നത് പോലെയുള്ള ഡൗൺസ്ട്രീം പരീക്ഷണങ്ങളെ ബാധിക്കും, ഇത് കൃത്യമായ അളവിലുള്ള ഫലങ്ങൾക്ക് കാരണമാകും.ആർഎൻഎയുടെ പരിശുദ്ധി തുടർന്നുള്ള ഫലങ്ങളിൽ വലിയ സ്വാധീനം ചെലുത്തുന്നു, അതിനാൽ ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് പരീക്ഷണങ്ങളിലെ ആദ്യ ഘട്ടത്തിൽ സ്പെക്ട്രോഫോട്ടോമെട്രി പൊതുവെ ഒഴിച്ചുകൂടാനാവാത്ത ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണ കണ്ണിയാണ്.

ചിത്രം 1. സാധാരണ ആർഎൻഎ/ഡിഎൻഎ അബ്സോർപ്ഷൻ സ്പെക്ട്രം

02 അഗറോസ് ജെൽ ഇലക്ട്രോഫോറെസിസ്

പരിശുദ്ധി കൂടാതെ, ആർഎൻഎയുടെ ഗുണനിലവാരം വിലയിരുത്തുന്നതിനുള്ള പ്രധാന സൂചകങ്ങളിലൊന്നാണ് ആർഎൻഎയുടെ സമഗ്രതയും.ആർ‌എൻ‌എയുടെ അപചയം സാമ്പിളിൽ ധാരാളം ചെറിയ ശകലങ്ങളിലേക്ക് നയിക്കും, അതിനാൽ റഫറൻസ് സീക്വൻസ് ഉപയോഗിച്ച് ഫലപ്രദമായി കണ്ടെത്താനും മറയ്ക്കാനും കഴിയുന്ന ആർ‌എൻ‌എ ശകലങ്ങളുടെ എണ്ണം കുറയും.1% അഗറോസ് ജെല്ലിൽ മൊത്തം ആർഎൻഎയുടെ ഇലക്‌ട്രോഫോറെസിസ് ഉപയോഗിച്ച് ആർഎൻഎ സമഗ്രത പരിശോധിക്കാം.ഈ രീതിക്ക് ജെൽ സ്വയം കോൺഫിഗർ ചെയ്യാം, അല്ലെങ്കിൽ ഇന്റഗ്രിറ്റി ടെസ്റ്റിംഗിനായി പ്രീ ഫാബ്രിക്കേറ്റഡ് ഇ-ജെൽ™ സിസ്റ്റം ഉപയോഗിക്കുക.മൊത്തം RNA യുടെ 80% വും റൈബോസോമൽ RNA ആണ്, ഇതിൽ ഭൂരിഭാഗവും 28S, 18S rRNA (സസ്തനി സംവിധാനങ്ങളിൽ) ചേർന്നതാണ്.നല്ല നിലവാരമുള്ള RNA രണ്ട് വ്യക്തമായ ബ്രൈറ്റ് ബാറുകൾ കാണിക്കും, അവ യഥാക്രമം 5 Kb, 2 Kb എന്നിവയിൽ 28S, 18S ബ്രൈറ്റ് ബാറുകൾ, അനുപാതം 2:1 ന് അടുത്തായിരിക്കും.അത് വ്യാപിക്കുന്ന അവസ്ഥയിലാണെങ്കിൽ, ആർഎൻഎ സാമ്പിൾ ഡീഗ്രേഡ് ചെയ്തിരിക്കാമെന്നാണ് അർത്ഥമാക്കുന്നത്, ആർഎൻഎയുടെ ഗുണനിലവാരം കൂടുതൽ പരിശോധിക്കുന്നതിന് പിന്നീട് വിവരിച്ച രീതി ഉപയോഗിക്കാൻ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു.

ചിത്രം 2. അഗറോസ് ജെൽ ഇലക്ട്രോഫോറെസിസിൽ ഡീഗ്രേഡഡ് (ലെയ്ൻ 2), കേടുകൂടാത്ത ആർഎൻഎ (ലേൻ 3) എന്നിവയുടെ താരതമ്യം

03 എജിലന്റ് ബയോഅനലൈസർ

മുകളിൽ വിവരിച്ച അഗറോസ് ജെൽ ഇലക്ട്രോഫോറെസിസ് രീതിക്ക് പുറമേ, ആർ‌എൻ‌എയുടെ സമഗ്രത എളുപ്പത്തിലും വേഗത്തിലും തിരിച്ചറിയാൻ ഞങ്ങളെ സഹായിക്കും, ആർ‌എൻ‌എയുടെ സമഗ്രത നിർണ്ണയിക്കാൻ നമുക്ക് എജിലന്റ് ബയോഅനലൈസർ ഉപയോഗിക്കാനും കഴിയും.ഇത് മൈക്രോഫ്ലൂയിഡിക്സ്, കാപ്പിലറി ഇലക്ട്രോഫോറെസിസ്, ഫ്ലൂറസെൻസ് എന്നിവയുടെ സംയോജനമാണ് ആർഎൻഎയുടെ സാന്ദ്രതയും സമഗ്രതയും വിലയിരുത്താൻ ഉപയോഗിക്കുന്നത്.RNA സാമ്പിളിന്റെ പ്രൊഫൈൽ വിശകലനം ചെയ്യാൻ ബിൽറ്റ്-ഇൻ അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുന്നതിലൂടെ, എജിലന്റ് ബയോഅനലൈസറിന് ഒരു റഫറൻസ് RNA സമഗ്രത മൂല്യം, RNA ഇന്റഗ്രിറ്റി നമ്പർ (ഇനി RIN എന്ന് വിളിക്കുന്നു) [1] കണക്കാക്കാൻ കഴിയും.RIN-ന്റെ മൂല്യം കൂടുന്തോറും ആർഎൻഎയുടെ സമഗ്രത വർദ്ധിക്കും (1 എന്നത് വളരെ അധഃപതിച്ചതാണ്, 10 ആണ് ഏറ്റവും പൂർണ്ണമായത്).ആർഎൻഎ ഉൾപ്പെടുന്ന ചില പരീക്ഷണങ്ങൾ ഗുണനിലവാര വിലയിരുത്തലിനായി RIN ഒരു പാരാമീറ്ററായി ഉപയോഗിക്കാൻ നിർദ്ദേശിക്കുന്നു.ഹൈ-ത്രൂപുട്ട് സീക്വൻസിങ് പരീക്ഷണങ്ങൾ (ഇനി NGS എന്ന് വിളിക്കുന്നു) ഉദാഹരണമായി എടുത്താൽ, Thermo Fisher's Oncomine പാനൽ സീരീസിലെ B സെൽ, T സെൽ ആന്റിജൻ റിസപ്റ്ററുകൾ കണ്ടുപിടിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന Oncomine™ Human Immune Repertoire-ന്റെ മാർഗ്ഗനിർദ്ദേശങ്ങൾ, RIN മൂല്യങ്ങളുള്ള സാമ്പിളുകൾ 4-നേക്കാൾ കൂടുതൽ ഫലപ്രദമായി അളക്കാൻ നിർദ്ദേശിക്കുന്നു.വ്യത്യസ്‌ത പാനലുകൾക്കായി ശുപാർശ ചെയ്‌തിരിക്കുന്ന വ്യത്യസ്‌ത ശ്രേണികളുണ്ട്, പലപ്പോഴും ഉയർന്ന RIN-ന് കൂടുതൽ ഫലപ്രദമായ ഡാറ്റ കൊണ്ടുവരാൻ കഴിയും.

ചിത്രം 3, Oncomine™ Human Immune Repertoire പരീക്ഷണങ്ങളിൽ, RIN 4-ൽ കൂടുതലുള്ള സാമ്പിളുകൾക്ക് കൂടുതൽ ഫലപ്രദമായ വായനകളും T സെൽ ക്ലോണുകളും കണ്ടെത്താൻ കഴിയും.【2】

എന്നിരുന്നാലും, RIN മൂല്യത്തിനും ചില പരിമിതികളുണ്ട്.NGS പരീക്ഷണാത്മക ഡാറ്റയുടെ ഗുണനിലവാരവുമായി RIN-ന് ഉയർന്ന ബന്ധമുണ്ടെങ്കിലും, FFPE സാമ്പിളുകൾക്ക് ഇത് അനുയോജ്യമല്ല.FFPE സാമ്പിളുകൾ വളരെക്കാലമായി രാസപരമായി ചികിത്സിക്കപ്പെടുന്നു, കൂടാതെ വേർതിരിച്ചെടുത്ത RNA യ്ക്ക് താരതമ്യേന കുറഞ്ഞ RIN മൂല്യമുണ്ട്.എന്നിരുന്നാലും, പരീക്ഷണത്തിന്റെ ഫലപ്രദമായ ഡാറ്റ തൃപ്തികരമല്ലെന്ന് ഇതിനർത്ഥമില്ല.FFPE സാമ്പിളുകളുടെ ഗുണനിലവാരം കൃത്യമായി വിലയിരുത്തുന്നതിന്, RIN ഒഴികെയുള്ള അളവുകൾ ഞങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കേണ്ടതുണ്ട്.RIN കൂടാതെ, എജിലന്റ് ബയോ അനലൈസറിന് RNA ഗുണനിലവാരത്തിന്റെ ഒരു മൂല്യനിർണ്ണയ പാരാമീറ്ററായി DV200 മൂല്യം കണക്കാക്കാനും കഴിയും.ഒരു RNA സാമ്പിളിൽ 200 bp-ൽ കൂടുതലുള്ള ശകലങ്ങളുടെ അനുപാതം കണക്കാക്കുന്ന ഒരു പരാമീറ്ററാണ് DV200.RIN എന്നതിനേക്കാൾ FFPE സാമ്പിൾ ഗുണനിലവാരത്തിന്റെ മികച്ച സൂചകമാണ് DV200.എഫ്‌എഫ്‌പിഇ വേർതിരിച്ചെടുത്ത ആർ‌എൻ‌എയ്ക്ക്, ഫലപ്രദമായി കണ്ടെത്താനാകുന്ന ജീനുകളുടെ എണ്ണവും ജീനുകളുടെ വൈവിധ്യവുമായി വളരെ ഉയർന്ന ബന്ധമുണ്ട് [3].DV200 ന് FFPE യുടെ ഗുണനിലവാരം കണ്ടെത്തുന്നതിലെ പോരായ്മകൾ നികത്താൻ കഴിയുമെങ്കിലും, സാമ്പിളുകളിൽ ഇൻഹിബിറ്ററുകൾ ഉണ്ടോ എന്നതുൾപ്പെടെ RNA സാമ്പിളുകളിലെ ഗുണനിലവാര പ്രശ്‌നങ്ങൾ സമഗ്രമായി വിശകലനം ചെയ്യാൻ എജിലന്റ് ബയോഅനലൈസറിന് ഇപ്പോഴും കഴിയുന്നില്ല.ഇൻഹിബിറ്ററുകൾ തന്നെ ഡൗൺസ്ട്രീം പരീക്ഷണങ്ങളുടെ ആംപ്ലിഫിക്കേഷൻ കാര്യക്ഷമതയെ ബാധിക്കുകയും ഉപയോഗപ്രദമായ ഡാറ്റയുടെ അളവ് കുറയ്ക്കുകയും ചെയ്യും.സാമ്പിളിൽ ഒരു ഇൻഹിബിറ്റർ ഉണ്ടോ എന്നറിയാൻ, അടുത്തതായി വിവരിച്ചിരിക്കുന്ന തത്സമയ ഫ്ലൂറസെന്റ് ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവ് PCR രീതി സ്വീകരിക്കാം.

04 തത്സമയ ഫ്ലൂറസെന്റ് ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവ് പിസിആർ

തത്സമയ ഫ്ലൂറസെന്റ് ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവ് പിസിആർ രീതിക്ക് സാമ്പിളിലെ ഇൻഹിബിറ്ററുകൾ കണ്ടുപിടിക്കാൻ മാത്രമല്ല, എഫ്എഫ്പിഇ സാമ്പിളിലെ ആർഎൻഎയുടെ ഗുണനിലവാരം കൃത്യമായി പ്രതിഫലിപ്പിക്കാനും കഴിയും.എജിലന്റ് ബയോളജിക്കൽ അനലൈസറുകളുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ, തത്സമയ ഫ്ലൂറസെൻസ് ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവ് ഉപകരണങ്ങൾ അവയുടെ വിശാലമായ പ്രയോഗം കാരണം പ്രധാന ബയോളജിക്കൽ ലബോറട്ടറികളിൽ കൂടുതൽ ജനപ്രിയമാണ്.RNA സാമ്പിളുകളുടെ ഗുണനിലവാരം പരിശോധിക്കുന്നതിന്, GUSB (Cat no. Hs00939627) പോലുള്ള ആന്തരിക റഫറൻസ് ജീനുകൾക്കായി പ്രൈമർ പ്രോബുകൾ വാങ്ങുകയോ തയ്യാറാക്കുകയോ ചെയ്യേണ്ടതുണ്ട്.സമ്പൂർണ്ണ അളവിലുള്ള പരീക്ഷണങ്ങൾ നടത്താൻ ഈ പ്രൈമറുകൾ, പ്രോബുകൾ, സ്റ്റാൻഡേർഡുകൾ (അറിയപ്പെടുന്ന ഏകാഗ്രതയുടെ ആകെ RNA) എന്നിവ ഉപയോഗിച്ച്, RNA ഗുണനിലവാരത്തിന്റെ മൂല്യനിർണ്ണയ മാനദണ്ഡമായി ഫലപ്രദമായ RNA ശകലങ്ങളുടെ സാന്ദ്രത കണക്കാക്കാം (ഫംഗ്ഷണൽ RNA ക്വാണ്ടിറ്റേഷൻ (FRQ) ചുരുക്കത്തിൽ).ഒരു NGS ടെസ്റ്റിൽ, RNA സാമ്പിളുകളുടെ FRQ-ന് ഫലപ്രദമായ ഡാറ്റ വോളിയവുമായി വളരെ ഉയർന്ന ബന്ധമുണ്ടെന്ന് ഞങ്ങൾ കണ്ടെത്തി.0.2ng/uL FRQ-ൽ കൂടുതലുള്ള എല്ലാ സാമ്പിളുകൾക്കും, കുറഞ്ഞത് 70% റീഡുകളെങ്കിലും റഫറൻസ് ക്രമം ഫലപ്രദമായി ഉൾക്കൊള്ളാൻ കഴിയും (ചിത്രം 4).

ചിത്രം 4, ഫ്ലൂറസെൻസ് ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവ് രീതി ഉപയോഗിച്ച് കണ്ടെത്തിയ FRQ മൂല്യത്തിന് NGS പരീക്ഷണത്തിൽ ലഭിച്ച ഫലപ്രദമായ ഡാറ്റയുമായി വളരെ ഉയർന്ന പരസ്പര ബന്ധമുണ്ട് (R2>0.9).0.2 ng/uL (log10 = -0.7) ന് തുല്യമായ FRQ മൂല്യമാണ് ചുവന്ന വര.【4】

FFPE സാമ്പിളുകൾക്ക് ബാധകമാകുന്നതിന് പുറമേ, തത്സമയ ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവ് PCR രീതിക്ക് സാമ്പിളുകളിലെ ഇൻഹിബിറ്ററുകൾ ഫലപ്രദമായി നിരീക്ഷിക്കാനും കഴിയും.ഇന്റേണൽ പോസിറ്റീവ് കൺട്രോളും (IPC) അതിന്റെ പരിശോധനയും ഉപയോഗിച്ച് നമുക്ക് റിയാക്ഷൻ സിസ്റ്റത്തിലേക്ക് കണ്ടെത്താനുള്ള സാമ്പിൾ ചേർക്കാം, തുടർന്ന് Ct മൂല്യം നേടുന്നതിന് ഫ്ലൂറസെൻസ് അളവ് നടത്താം.നോ-സാമ്പിൾ പ്രതികരണത്തിൽ Ct മൂല്യം Ct മൂല്യത്തിന് പിന്നിലാണെങ്കിൽ, ഇത് ഇൻഹിബിറ്റർ സാമ്പിളിൽ ഉണ്ടെന്നും പ്രതികരണത്തിലെ ആംപ്ലിഫിക്കേഷൻ കാര്യക്ഷമതയെ തടയുന്നുവെന്നും ഇത് സൂചിപ്പിക്കുന്നു.

05 ക്യുബിറ്റ് ഫ്ലൂറസെന്റ് ഡൈ രീതി

ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് കോൺസൺട്രേഷനും പ്യൂരിറ്റി കണ്ടെത്തലിനുമായി ഏറ്റവും സാധാരണയായി ഉപയോഗിക്കുന്ന ചെറിയ ഉപകരണമാണ് ക്യുബിറ്റ് ഫ്ലൂറോമീറ്റർ, ഇത് പ്രവർത്തിക്കാൻ എളുപ്പമാണ്, ഇത് മിക്കവാറും എല്ലാ മോളിക്യുലാർ ബയോളജി ലബോറട്ടറിയിലും നിലവിലുണ്ട്.ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ്-ബൈൻഡിംഗ് ഫ്ലൂറസെന്റ് ഡൈ (ക്യുബിറ്റ് ഡിറ്റക്ഷൻ റിയാജന്റ്) കണ്ടെത്തി ന്യൂക്ലിക് ആസിഡിന്റെ സാന്ദ്രത ഇത് കൃത്യമായി കണക്കാക്കുന്നു.ക്യുബിറ്റിന് ഉയർന്ന സംവേദനക്ഷമതയും പ്രത്യേകതയുമുണ്ട്, കൂടാതെ pg/µL വരെ RNA-യെ കൃത്യമായി അളക്കാൻ കഴിയും.ന്യൂക്ലിക് ആസിഡിന്റെ സാന്ദ്രത കൃത്യമായി കണക്കാക്കാനുള്ള അറിയപ്പെടുന്ന കഴിവിനുപുറമെ, തെർമോ ഫിഷറിന്റെ ഏറ്റവും പുതിയ മോഡലായ ക്യുബിറ്റ് 4.0 ന് ആർഎൻഎയുടെ സമഗ്രത കണ്ടെത്താനും കഴിയും.Qubit 4.0′s RNA ഡിറ്റക്ഷൻ സിസ്റ്റം (RNA IQ Assay) രണ്ട് പ്രത്യേക ഫ്ലൂറസെന്റ് ഡൈകൾ ഒരേസമയം കണ്ടെത്തി ആർഎൻഎയുടെ സമഗ്രത കണ്ടെത്തുന്നു.ഈ രണ്ട് ഫ്ലൂറസെന്റ് ഡൈകൾക്ക് യഥാക്രമം ആർഎൻഎയുടെ വലിയ ശകലങ്ങളോടും ചെറിയ ശകലങ്ങളോടും ബന്ധിപ്പിക്കാൻ കഴിയും.ഈ രണ്ട് ഫ്ലൂറസന്റ് ചായങ്ങൾ സാമ്പിളിലെ ആർഎൻഎയുടെ വലിയ ശകലങ്ങളുടെ അനുപാതത്തെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു, ഇതിൽ നിന്ന് ആർഎൻഎ ഗുണനിലവാരത്തെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്ന IQ (ഇന്റഗ്രിറ്റി ആൻഡ് ക്വാളിറ്റി) മൂല്യം കണക്കാക്കാം.IQ മൂല്യം FFPE, നോൺ-FFPE സാമ്പിളുകൾക്ക് ബാധകമാണ്, തുടർന്നുള്ള സീക്വൻസിങ് ഗുണനിലവാരത്തിൽ വലിയ സ്വാധീനമുണ്ട്.NGS പരീക്ഷണങ്ങൾ ഉദാഹരണമായി എടുത്താൽ, Ion torrent™ പ്ലാറ്റ്‌ഫോമിൽ നടത്തിയ RNA-Seq ടെസ്റ്റ് പരീക്ഷണങ്ങളിൽ, 4-ൽ കൂടുതൽ IQ മൂല്യങ്ങളുള്ള മിക്ക സാമ്പിളുകളിലും കുറഞ്ഞത് 50% ഫലപ്രദമായ വായനകൾ ഉണ്ടായിരുന്നു (ചിത്രം 5).മുകളിൽ സൂചിപ്പിച്ച കണ്ടെത്തൽ രീതികളുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ, Qubit IQ Assay പ്രവർത്തിക്കാൻ കൂടുതൽ സൗകര്യപ്രദവും കുറഞ്ഞ സമയം (അഞ്ച് മിനിറ്റിനുള്ളിൽ) എടുക്കുന്നതും മാത്രമല്ല, അളന്ന പാരാമീറ്റർ IQ മൂല്യവും ഡൗൺസ്ട്രീം പരീക്ഷണങ്ങളുടെ ഡാറ്റാ നിലവാരവും തമ്മിൽ വലിയ ബന്ധമുണ്ട്.

ചിത്രം 5, Qubit RNA IQ മൂല്യവും RNA-Seq-ന്റെ മാപ്പ് ചെയ്ത റീഡുകളും തമ്മിൽ വലിയ ബന്ധമുണ്ട്.【5】

മേൽപ്പറഞ്ഞ ആമുഖത്തിലൂടെ, എല്ലാവർക്കും വ്യത്യസ്ത RNA ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണ രീതികളെക്കുറിച്ച് മതിയായ ധാരണയുണ്ടെന്ന് ഞാൻ വിശ്വസിക്കുന്നു.പ്രായോഗികമായി, നിങ്ങൾക്ക് തിരഞ്ഞെടുക്കാംസാമ്പിൾ തരവും നിലവിലുള്ള ഉപകരണങ്ങളും അനുസരിച്ച് അനുബന്ധ രീതി.ആർ‌എൻ‌എയുടെ ഗുണനിലവാരം നന്നായി നിയന്ത്രിക്കുന്നതിലൂടെ മാത്രമേ, മോശം സാമ്പിൾ ഗുണനിലവാരം മൂലമുണ്ടാകുന്ന തുടർന്നുള്ള പരീക്ഷണങ്ങളുടെ പരാജയം ഒഴിവാക്കാനാകൂ, അങ്ങനെ വിലയേറിയ സമയവും ഊർജവും ചെലവും ലാഭിക്കാം.

റഫറൻസ് ഉൽപ്പന്നങ്ങൾ:

അനിമൽ ടോട്ടൽ ആർഎൻഎ ഐസൊലേഷൻ കിറ്റ്

സെൽ ടോട്ടൽ RNA ഐസൊലേഷൻ കിറ്റ്

അവലംബങ്ങൾ

【1】ഷ്രോഡർ, എ., മുള്ളർ, ഒ., സ്റ്റോക്കർ, എസ്. തുടങ്ങിയവർ.RIN: RNA അളവുകൾക്ക് സമഗ്രത മൂല്യങ്ങൾ നൽകുന്നതിനുള്ള ഒരു RNA സമഗ്രത നമ്പർ.BMC മോളിക്യുലർ ബയോൾ 7, 3 (2006).https:// doi .org/10.1186/1471-21 99-7-3

【2】ഓൺകമൈൻ ഹ്യൂമൻ ഇമ്മ്യൂൺ റിപ്പർട്ടറി യൂസർ ഗൈഡ് (പബ്. നമ്പർ. MAN0017438 Rev. C.0).

【3】ലിയ സി വെഹ്മാസ്, ചാൾസ് ഇ വുഡ്, ബ്രയാൻ എൻ ചോർലി, കരോൾ എൽ യൗക്ക്, ഗെയിൽ എം നെൽസൺ, സൂസൻ ഡി ഹെസ്റ്റർ, ആർ‌എൻ‌എ വിലയിരുത്തുന്നതിനുള്ള മെച്ചപ്പെടുത്തിയ ഗുണനിലവാര അളവുകൾ ഫോർമാലിൻ-ഫിക്സഡ് പാരഫിൻ-എംബെഡഡ് ടിഷ്യു സാമ്പിളുകൾ പ്രായം 357–373,https://doi.org/10.1093/toxsci/